FLAG-tag由8个氨基酸残基组成，序列是Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys (D-Y-K-D-D-D-D-K)。由于其亲水性， FLAG-tag可能定位于融合蛋白表面，因此，FLAG-tag 易于抗体检测。 FLAG-tag被广泛应用于各种表达系统中, 例如大肠杆菌，酵母和哺乳动物细胞。 FLAG-tag的分子量很小，只有1.01kDa，所以不会遮盖融合蛋白中其他的蛋白表位和结构域，更不容易改变融合蛋白的功能、分泌或是运输。 FLAG-tag含有一个肠激酶的切割位点（D-D-D-D-K-X1）。通常情况下，FLAG-tag被放置在N端，通过肠激酶切掉后，就会还原融合蛋白的原始序列和结构。 FLAG系统是表达、纯化和检测重组融合蛋白的成熟方法。FLAG和 3 x FLAG可用于免疫印迹、免疫细胞化学、免疫沉淀、流式细胞术、蛋白纯化以及蛋白质-蛋白质互作、细胞超微结构和蛋白定位研究。

Anti-FLAG M2 亲和凝胶是一种可与琼脂糖共价连接的小鼠单克隆抗体。该抗体可在融合蛋白的 N 末端、Met-N 末端、C 末端和内部位置与 FLAG 结合。结合是不依赖于钙的。